CHKDSK prüft das Dateisystem und versucht bei Inkonsistenzen diese zu beheben.
Das Dateisystem selbst hat nicht nur eine, sondern (vereinfacht) mindestens 2 Tabellen, welche beide parallel mit den Informationen befüllt werden. Insbesondere bei Abstürzen des Systems kann es aber dazu kommen, dass nur in einer der Tabellen der Dateieintrag vorhanden ist, in der anderen aber nicht - und das kann dann zu einem Problem führen, weil beim Lesen der Dateien ebenfalls beide Tabellen gelesen werden und das System dann darüber stolpert, dass in der einen Tabelle die Daten da sind in der anderen aber nicht.
Bei der Wiederherstellung bringt CHKDSK diese beiden Tabellen wieder auf einen identischen Stand - und dabei kann es sein, dass sog. "unzugeordnete Dateien" (Dateien, die nur in einer der Tabelle waren) wiederhergestellt werden. Dies sind dann Teile von den alten Dateien, die das System nicht mehr richtig zuordnen konnte.
Dieses Vorgehen ist vereinfacht das, was z.B. bei FAT-formatierten Dateisystemen passiert.
Bei NTFS sieht die Geschichte noch komplexer aus, weil dies ein sog. Journalling Filesystem ist, also ein Dateisystem was nicht nur den aktuellen Stand in den Tabellen behält, sondern auch die Änderungen mit abspeichert. Aufgrund dessen kann NTFS solche Fehler wie eine Schreibunterbrechung durch einen Absturz deutlich besser abfangen und zum Teil sogar komplett wiederherstellen.