Für die Strecke selber wäre es egal, welche Version man nimmt. Der Hauptnutzen des Binpatch entsteht durch Verbesserung des Soundverhaltens, und das war schon bei der ersten Version so. Kritisch für die Version wird es bei speziell dafür ausgerüsteten Fahrzeugen. Da kann es schon sein, dass es mit Licht, Pantografen oder Türen nicht so klappt wie der Erbauer oder Aufgabenersteller sich das gedacht hat.
Du hattest die Frage unter "TrainStore" eingestellt. Dieser ist im Emsland geradezu lebensnotwendig. Also immer nur die benötigte Aufgabe einlagern und nicht mehr, sonst kommt der gute alte MSTS ins Stottern.
Und noch eine Anmerkung zum Schluss: gibt man bei Google binpatch oder bin patch ein, so steht die Quelle zum Download an oberster Stelle der Fundstellen.