Hast Du nach der Installation des BinPatch noch eine Schweizer Strecke installiert? Dann würde er richtig installiert, aber hinterher wieder zerschossen ohne dass Du es merken kannst.
Für alle gängigen Probleme hat Karsten ein kleines Reparatur-Programm geschrieben. Du findest in folgendem Beitrag (fast ganz unten) einen Link zur MSTS-Reparatur:
Fehlermeldungen im MSTS