Die Mega-Collection ist eine Sammlung aller vorher erschienenen Addons - dementsprechend hast du das Rollmaterial auch, wenn du alle vorherigen GR-Addons installiert hast.
Ich schätze aber viel eher, dass dein Problem darin liegt, dass du zu viele Züge eingelagert hast, denn der MSTS wird umso instabiler, je mehr Material (egal ob Strecken oder Loks/Wagen) verfügbar ist. Ganz schlimm wird es, wenn das Material Zusatzfunktionen besitzt (z.B. Nachtführerstände), welche mit dem MSTS ohne Bin-Patch nicht nutzbar sind.
Von daher meine dringende Empfehlung:
* TrainStore nutzen und maximal eine Aufgabe einlagern
* BinPatch installieren (und ja, ich weiß, dass insbesonere BSI davon abrät - ich kann das aber nur empfehlen, da der Patch den MSTS deutlich stabiler macht)
Falls du die Aufgabe selbst basteln willst, würde ich dir empfehlen, die benötigten Fahrzeuge einzeln in TrainStore einzulagern anstatt "Hole Alles" zu machen. So bleibt die Menge noch in einem überschaubaren Rahmen (und du kannst schauen, welche Fahrzeuge du wirklich brauchst...
). Und nur so wird sich der MSTS nicht so schnell an dir rächen.
Übrigens: Entgegen der Warnmeldung von TrainStore laufen die Editoren vom MSTS natürlich auch, wenn man NICHT "Hole alles" gemacht hat. Nur ist dann die Zug- als auch Strecken-/Aufgabenauswahl deutlich eingeschränkt, weil ein Großteil des Materials dann für den MSTS nicht sichtbar ist...