Ich hab's reparieren können.
Falls mal jemand ein ähnliches Problem haben sollte:
Es lag tatsächlich daran, dass in meinem "MSTSBIN_BACKUP"-Ordner einige Dateien fehlten. Beim Deinstallieren von MSTS Bin wurden die Bin-Versionen der Dateien gelöscht, aber da die Backups der Original-Dateien fehlten, konnten diese nicht wiederhergestellt werden und fehlten dann. Damit lief der MSTS dann natürlich nicht mehr richtig.
Ich habe jetzt erst MSTS Bin deinstalliert und dann die fehlenden Originaldateien aus einer anderen MSTS-Installation (ohne MSTS Bin) ergänzt. Damit lief es dann wieder. Nachdem ich danach wieder MSTS Bin installiert hatte (gleiche Version wie vorher), waren im "MSTSBIN_BACKUP"-Ordner auch wieder alle nötigen Backup-Dateien abgelegt!
Ich vermute, dass in der Vergangenheit bei der Installation irgendeiner Bin-Version etwas schiefgelaufen ist und der Installer nicht alle Backups korrekt angelegt hat.
Grüße,
uli