Bin jetzt mal der Sache auf den Grund gegangen und stelle fest, dass die tatsächlich von Anfang an so drin waren! Aber mir sind sie nie in dem Maße aufgefallen. Jedoch fahre ich schon seit 2 Jahren nur noch die Wagen von HansP und habe fast alle GR-Wagen, die aus älteren AddOns stammen, entsorgt. Die Texturen haben jedoch noch in diesem unübersichtlichen Ordner überlebt.
Ich würde im übrigen niemals vorschlagen, so eine sinnvolle und übersichtliche Ordnerstruktur aufzugeben. Hauptsache ist nur, dass gewährleistet ist, dass verschiedene Texturversionen auch anders benannt werden und anders auf diese referiert wird.