Ich weiß natürlich nicht, was ihr schon versucht habt, um das Problem zu beheben, aber für mich hört sich das nach einer schlechten Steck-/Kabelverbindung an der Festplatte oder einem Wackelkontakt an. Ich gehe mal davon aus, dass die "verschwundene Partition" eine eigenständige Festplatte und nicht nur Teil der Festplatte, auf dem das Betriebssystem liegt, ist, sonst könnte Windows logischerweise nicht mehr starten. Hast du deinen PC schon mal geöffnet, eventuellen Staub weggesaugt und alle Kabelverbindungen ein paar Mal auf- und abgesteckt, um die Kontakte wieder blank zu machen ? Das hilft in solchen Fällen meistens. Dabei auch auf besonders locker sitzende Stecker achten. Falls das Problem weiterhin auftritt, solltest du mal versuchen die Kabel zur betroffenen Festplatte gegen neue auszutauschen oder die Festplatte an einem anderen PC anzuschließen, um deren Funktionstüchtigkeit zu testen.
Gruß
Christoph